Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Diseño integrado de anticuerpos para biología de sistemas mediante Ab Designer

Trairak Pisitkun, Patrick Dummer, Poorichaya Somparn, Nattiya Hirankarn, Jeffrey B Kopp y Mark A Knepper

En la era actual de la biología a gran escala, la biología de sistemas ha evolucionado como un enfoque poderoso para identificar interacciones complejas dentro de los sistemas biológicos. Además de las técnicas de identificación y cuantificación de alto rendimiento, los métodos basados en anticuerpos monoespecíficos de alta calidad siguen siendo un elemento esencial del enfoque. Para ayudar en el diseño y la producción a gran escala de anticuerpos dirigidos por péptidos para estudios de biología de sistemas, desarrollamos una aplicación en línea totalmente integrada, Ab Designer (http://helixweb.nih.gov/AbDesigner/), para ayudar a los investigadores a seleccionar el péptido óptimo inmunógenos para la generación de anticuerpos contra regiones relativamente desordenadas de proteínas diana. Aquí describimos Ab Designer en términos de sus características, lo comparamos con otras herramientas de software y lo usamos para diseñar tres anticuerpos contra proteínas relacionadas con la enfermedad renal en humanos, a saber. nefrina, podocina y apolipoproteína L1.