Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Cálculo automatizado de secuencias peptídicas únicas para la identificación inequívoca de proteínas altamente homólogas mediante espectrometría de masas

Michael Kohl, Gorden Redlich, Martin Eisenacher, Anke Schnabel, Helmut E. Meyer, Katrin Marcus y Christian Stephan

En los enfoques habituales de proteómica, las proteasas se utilizan para digerir el proteoma en un conjunto de péptidos. Desafortunadamente, la determinación de proteínas a partir de péptidos implica cierta incertidumbre, ya que un péptido puede formar parte de diferentes proteínas. Por lo tanto, una detección dirigida de péptidos únicos de proteínas particulares es una tarea prometedora para una identificación inequívoca de una proteína específica. Aquí presentamos una solución de software que ofrece la posibilidad de una detección simple y altamente eficiente de estos péptidos únicos. En un primer paso, se genera una base de datos basada en SQL de péptidos teóricamente digeridos de una base de datos de proteínas con formato de archivo FASTA eligiendo una proteasa. En un segundo paso, los péptidos generados in silico a partir de una secuencia de proteínas predefinida se comparan con esta base de datos de péptidos para identificar péptidos únicos. Entre otras, las posibles aplicaciones son la identificación de proteínas cuando solo se dispone de información peptídica escasa o técnicas proteómicas avanzadas que requieren información sobre la singularidad de los péptidos, como la monitorización de reacciones múltiples (MRM).