Revista de Proteómica y Bioinformática
Acceso abierto

abstracto

Un método eficaz para el análisis de proteomas de plasma humano utilizando electroforesis en gel bidimensional

Yasmin Ahmad y Narendra Sharma

El análisis de proteomas de plasma conduce cada vez más al descubrimiento de biomarcadores de enfermedades humanas. Sin embargo, la gran abundancia de proteínas, el exceso de sal y lípidos en el plasma hacen que el análisis sea muy complicado. Por lo tanto, es necesario mejorar los procedimientos de preparación de muestras antes/después del análisis de proteínas plasmáticas por electroforesis en gel bidimensional. El objetivo de este estudio fue desarrollar un método reproducible mediante el examen de los siguientes parámetros: (1) agotamiento de las proteínas abundantes (2) efecto de diferentes métodos de precipitación (3) comparación del tampón de rehidratación optimizado utilizando el método Taguchi modificado con la rehidratación estándar tampón y (4) comparar los efectos de diferentes métodos de tinción. Nuestros resultados mostraron que el agotamiento de dos proteínas muy abundantes mejoró la visualización de proteínas menos abundantes presentes en el plasma humano y la precipitación con TCA/acetona dio como resultado una concentración y desalinización eficiente de la muestra. Descubrimos que el uso de un tampón de rehidratación optimizado en comparación con el tampón de rehidratación estándar aumentó la solubilidad de las proteínas, mejoró la resolución y la reproducibilidad de los geles 2D. También encontramos que la visualización de perfiles de gel 2D mediante tinción con plata y tinción fluorescente mejoró la detección de proteínas plasmáticas poco abundantes en comparación con la tinción de Coomassie. En conclusión, las condiciones optimizadas de nuestro estudio se pueden aplicar para producir un mejor gel 2-DE de referencia de muestras de plasma para la identificación de nuevos marcadores de enfermedades.