Inmunoterapia: Acceso Abierto
Acceso abierto

abstracto

Una perspectiva del perfil de expresión génica de las metaloproteasas de matriz (MMP) revelado por el transcriptoma pancanceroso y los datos de células individuales

Jinxiang Tan*, Yidan Gao, Zhao Li, Yuanyuan Wang, Linbang Wang

Antecedentes: las MMP son un grupo de genes familiares la relacionada con la progresión del cáncer, se informa que la regulación positiva de la mayoría de los genes MMP en los cánceres está asociada con la promoción de la invasión, la angiogénesis y la evitación de la vigilancia inmunológica. Sin embargo, no se han investigado los patrones de expresión de todas las MMP a nivel transcriptómico y unicelular en una perspectiva de pancáncer.

Métodos: Se aplicaron tanto el transcriptoma del Cancer Genome Atlas (TCGA) como los datos pancancerosos de secuenciación unicelular de GEO (Gene Expression Omnibus). El modelo de diagnóstico basado en MMP se construyó mediante análisis de regresión LASSO. La ssGSEA clasificó los tumores en grupos de puntuación alta y baja de MMP . Los datos de una sola célula se analizaron mediante el paquete Serat. Los caracteres de expresión de las MMP se validaron mediante qRT-PCR.

Resultados: MMP1, MMP11 y MMP12 aumentaron en casi todos los tipos de cáncer. MMP19 y MMP27 están significativamente regulados a la baja en ocho a nueve tipos de cáncer. El análisis de correlación demostró una relación potencial entre la expresión de MMP y la inmunidad tumoral y la troncalidad tumoral. Las células inmunitarias, incluidos los macrófagos, la respuesta de IFN tipo II y las células Treg, se infiltraron mucho en el grupo de puntuación baja de MMP como se esperaba, funciones que incluyen la vía de señalización del hipopótamo, la regulación positiva de la adhesión de los leucocitos a las células endoteliales vasculares, la quimioterapia de células T taxis más activos en el grupo con puntuación alta en MMP. El análisis de una sola célula reveló diversos patrones de expresiones de MMP en diferentes grupos de células. En el cual, MMP7 se encuentra altamente expresado en los macrófagos y MMP2 se encuentra altamente expresado en las células T CD8⁺.< /p>

Conclusión: la mayoría de las MMP tienen una expresión aumentada en todos los tipos de cáncer, las MMP mostraron un valor diagnóstico potencial en combinación.