Quimioterapia: Acceso Abierto
Acceso abierto

abstracto

Una nueva estrategia para identificar mRNA 3′ Diferencia de nivel de UTR y ARNm en la enfermedad de Crohn

Tuo Hu, Hua-shan Liu, Chi Zhou, Xian-rui Wu, Yu-feng Chen, Xuan-hui Liu, Xiao-wen He, Yi-feng Zou, Xiao-sheng He, Xiao-jian Wu, Ping Lan y Jia Ke

Antecedentes y objetivos: La enfermedad de Crohn (EC) es una enfermedad inflamatoria intestinal crónica y refractaria. El 3 y prime; La región no traducida (3′ UTR) de la transcripción de ARNm puede regular su propio proceso de traducción después de la transcripción, y su papel en la EC aún no está claro. El objetivo de este estudio fue identificar los genes críticos que influyen en el fenotipo de CD a través de la regulación del ARNm 3′ UTR. Métodos: Se utilizó el modelo de cambio estructural de isoformas (IsoSCM) para evaluar la longitud de 3′ UTR del transcriptoma completo de una base de datos de CD en línea basada en RNA-seq. Correlaciones entre 3′ El estado de longitud de UTR y el nivel de ARNm se analizaron mediante coeficientes de Spearman. La lista de genes correlacionados se superpuso con la lista de genes relacionados con CD crítica publicada. Se realizaron análisis univariados y multivariados para identificar los genes asociados con el fenotipo de CD. Resultados: En comparación con el control normal, 3′ UTR de 34192 genes se acortaron y 57389 se alargaron entre 432784 genes en pacientes con CD. El 3 y prime; Se encontraron cambios UTR de 255 genes significativamente correlacionados con su nivel de ARNm. Además, 8 genes superpuestos fueron compartidos por más de 255 genes correlacionados y una lista conocida de genes relacionados con CD (ABCB1, FAF1, TUT2, IL27, JAK2, LTB, NAGLU y PTPN2). El nivel de ARNm de ABCB1 y JAK2, y 3′ Se encontró que la longitud UTR de la transcripción de JAK2 estaba correlacionada con la úlcera profunda en pacientes con EC mediante análisis univariado y multivariado. Conclusiones: El 3′ Se confirmó que los cambios UTR de los genes relacionados con la CD estaban relacionados con el fenotipo de la CD. Nuestros hallazgos pueden proporcionar más información sobre los mecanismos epigenéticos y las estrategias terapéuticas para la EC.